Biasanya digunakan dalam pelbagai mikroskop, membolehkan orang untuk lebih mudah memerhatikan pelbagai fenomena fluorescent. Mikroskop yang biasanya digunakan untuk penapis adalah mikroskop fluoresens, laser, mikroskop fluoresens berfokus bersama (LSCM), mikroskop berfokus bersama, dan mikroskop fluoresens refleks penuh dalam (TIRFM); Terutama digunakan dalam bidang sains hayat dan bioperubatan, peranan utama adalah untuk memisahkan dan memilih bahan dalam sistem analisis pemeriksaan fluoresensi bioperubatan untuk merangsang cahaya dan mengeluarkan spektrum gelombang ciri-ciri fluoresensi.